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[5920885-2] Análise Cladística

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Introdução à disciplina 5920885 - "Análise Cladística". Conceitos gerais da sistemática filogenética: cladogramas e relações filogenéticas; grupos monofiléticos e não-monofiléticos; brevíssimo histórico da Cladística (no sentido adotado nesta disciplina). Hipóteses de homologia; abordagem intuitiva à construção de caracteres.
Proposição de hipóteses de homologia; construção e codificação de caracteres; caracteres como hipóteses (simples) de relacionamento filogenético; enraizamento de árvores; estatísticas dos cladogramas: comprimento (número de passos), índices de consistência e retenção (CI & RI).
Nesta aula, aprofundamos a exploração do dos conceitos de homologia e caráter, no contexto de estudos comparativos, abordando como as hipóteses expressas por esses conceitos geram uma hierarquia. O conceito de homoplasia como erro foi abordado também neste contexto.
Congruência de caracteres e maximização das hipóteses de homologia (implícitas nos caracteres e seus estados) na seleção da árvore mais parcimoniosa. Parcimônia como critério de otimalidade para seleção de hipóteses filogenéticas. Introdução ao algoritmo de Fitch para otimização de caracteres discretos (apenas passagem descendente).
Otimização de Fitch: 2a parte (passagem ascendente). Comparações entre árvores para reconhecimento das árvores ótimas que, no caso do critério da parcimônia, são as hipóteses com menor números de passos.
Número de soluções possívels (árvores enraizadas e não-enraizadas) na pesquisa filogenética; lógica da busca heurística; introdução ao software Winclada
Aula especial do Dr. Danilo Ament sobre a construção e codificação de caracteres morfológicos para análises filogenéticas.
Classes de caracteres morfológicos e codificação; caracteres/estados inaplicáveis; busca heurística e estratégias para rearranjos de ramos.
Amostragem taxonômica (conceitos de grupo interno e grupo(s) externo(s)); consenso de árvores; pesagem de caracteres. Apresentação de recursos analíticos dos programas Winclada e Nona.
Homologia molecular, alinhamento de sequências, combinação de dados e implementações computacionais.
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