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Aula 20: Iniciando simulações com dinâmica molecular de soluto em vácuo e solução aquosa com o programa GROMACS
Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 19: Procedimentos eficientes aplicados em simulações com MC e MD:
* Raio de corte;
* Lista de vizinhos;
* Correção de longo alcance.
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Aula 18: Apresentação do programa GROMACS:
* Arquivos de entrada (input);
* Arquivos de saída (output);
* Análise de propriedades.
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Aula 17: Dinâmica Molecular:
* Ensemble: NVT e termostatos;
* Dinâmica de Langevin;
* Ensemble: NPT e barostatos.
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Aula 16: Dinâmica Molecular para moléculas rígidas e semi-flexíveis:
* Rotação de corpos rígido; e
* Vínculos para fixar distâncias de ligações.
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Aula 15: Introdução a Dinâmica Molecular para sistemas atômicos ou moléculas flexíveis:
* Formalismo;
* Métodos de integradores; e
* Condições iniciais.
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Aula 14: Tutorial do servidor LigParGen: Gerar arquivos de entrada para simulação com a DICE e GROMACS
Tutorial do programa DICE para moléculas flexíveis:
* Realizar simulações;
* Analisar deformações moleculares com distribuição e clustering
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Aula 11: Método Monte Carlo:
* Introdução histórica;
* Amostragem de Metropolis para sistemas atômicos no ensemble NVT;
* Gerador de números aleatórios.
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Aula 10: Análise de propriedades estruturais com o programa ORDER:
* Camadas de solvatação, e
* Ligações de hidrogênio.
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Aula 13: Método Monte Carlo:
* Amostragem de Metropolis para sistemas molecular rígidas no ensemble NPT e grand-canônico; e
* Moléculas flexíveis com o Método Configuration Bias Monte Carlo.
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