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Kaline Rabelo Coutinho

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Aula 15: Introdução a Dinâmica Molecular para sistemas atômicos ou moléculas flexíveis: * Formalismo; * Métodos de integradores; e * Condições iniciais. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 14: Tutorial do servidor LigParGen: Gerar arquivos de entrada para simulação com a DICE e GROMACS Tutorial do programa DICE para moléculas flexíveis: * Realizar simulações; * Analisar deformações moleculares com distribuição e clustering Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 11: Método Monte Carlo: * Introdução histórica; * Amostragem de Metropolis para sistemas atômicos no ensemble NVT; * Gerador de números aleatórios. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 10: Análise de propriedades estruturais com o programa ORDER: * Camadas de solvatação, e * Ligações de hidrogênio. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 13: Método Monte Carlo: * Amostragem de Metropolis para sistemas molecular rígidas no ensemble NPT e grand-canônico; e * Moléculas flexíveis com o Método Configuration Bias Monte Carlo. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 12: Método Monte Carlo: * Amostragem de Metropolis; e * Detalhes de implementação: tamanho e formato da caixa, condição de contorno, raio de corte e correção de longo alcance. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 9: Apresentação do programa DICE: * Arquivos de entrada (input); * Arquivos de saída (output); * Análise de propriedades. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 8: Continuação - Mecânica estatística de líquidos: * Ensembles; * Propiedades termodinâmicas; * Propriedades estruturais. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 7: Mecânica estatística de líquidos: * Ensembles; * Propiedades termodinâmicas; * Propriedades estruturais. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 6: Como escolher o campo de força e os parâmetros: * Artigos; * Servidores: LigParGen; * Programas: Antechamber do Ambertools. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
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