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[PGF5216-4] Simulação Computacional de Líquidos Moleculares e Soluções

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Aula 20: Iniciando simulações com dinâmica molecular de soluto em vácuo e solução aquosa com o programa GROMACS Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 19: Procedimentos eficientes aplicados em simulações com MC e MD: * Raio de corte; * Lista de vizinhos; * Correção de longo alcance. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 18: Apresentação do programa GROMACS: * Arquivos de entrada (input); * Arquivos de saída (output); * Análise de propriedades. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 17: Dinâmica Molecular: * Ensemble: NVT e termostatos; * Dinâmica de Langevin; * Ensemble: NPT e barostatos. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 16: Dinâmica Molecular para moléculas rígidas e semi-flexíveis: * Rotação de corpos rígido; e * Vínculos para fixar distâncias de ligações. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 15: Introdução a Dinâmica Molecular para sistemas atômicos ou moléculas flexíveis: * Formalismo; * Métodos de integradores; e * Condições iniciais. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 14: Tutorial do servidor LigParGen: Gerar arquivos de entrada para simulação com a DICE e GROMACS Tutorial do programa DICE para moléculas flexíveis: * Realizar simulações; * Analisar deformações moleculares com distribuição e clustering Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 13: Método Monte Carlo: * Amostragem de Metropolis para sistemas molecular rígidas no ensemble NPT e grand-canônico; e * Moléculas flexíveis com o Método Configuration Bias Monte Carlo. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 12: Método Monte Carlo: * Amostragem de Metropolis; e * Detalhes de implementação: tamanho e formato da caixa, condição de contorno, raio de corte e correção de longo alcance. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
Aula 10: Análise de propriedades estruturais com o programa ORDER: * Camadas de solvatação, e * Ligações de hidrogênio. Slides disponíveis no site: http://portal.if.usp.br/gfmm/pt-br/kaline-disciplinapos
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